El parásito tiene dos formas: trofozoíto y quiste. El trofozoíto es la forma mótil, activa, residente intestinal, con un largo de 15 µm, ancho de 8 µm y aspecto dacrioide.
A la microscopia óptica se lo reconoce como una "cara sonriente" formada por los dos núcleos en el tercio anterior ("ojos"), los axonemas que pasan longitudinalmente entre los núcleos ("nariz") y cuerpos medianos de ubicación transversa en el tercio posterior ("boca"). Cuatro pares de flagelos completan la expresión cómica de esta forma. El quiste es el estadio inactivo, resistente, responsable de la transmisión, con un largo de 12 µm y ancho de 7 µm. Contiene dos trofozoítos formados, pero no del todo separados, y pueden verse los axonemas, fragmentos de los discos ventrales y hasta 4 núcleos. El quiste es susceptible a la desecación en condiciones cálidas y secas, pero no sobrevive varios meses fuera del huésped en ambientes fríos y húmedos.
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